No creo que tengas ningún problema, pero eres de ser consciente de la dificultad de hacer un apilado a pulso.
En general, el macro con AF, con apilado o no, presenta el problema del posible pequeño movimiento al disparar.
Con las distancias cortas y/o las profundidades de campo tan pequeñas, cualquier movimiento te arruinará la foto por muy bien que se haya portado el AF. Y si haces apilado, toda la serie se verá afectada por ese movimiento. Quiero decir con esto que más que el objetivo, la que tiene que estar a la altura es la posición estable del disparo.
Si, como dices, eres novato en macro, yo no me obsesionaría con el apilado. Cuando tengas ya cierto control está bien que lo intentes, o incluso antes, puedes practicar con trípode, que a las horas adecuadas siempre podrás encontrar algún modelo que te lo permita hacer con tranquilidad.
Mi opinión personal sobre el apilado de campo es que en pocas ocasiones es necesario, salvo cuando tengas un fondo muy cercano que quieras desenfocar. En esa situación la única solución es abrir diafragma y hacer un apilado para poder conseguir toda la zona del modelo que necesites a foco. Eso y si quieres hacer primerísimos planos, pero complica todavía más eso de "la posición más estable que puedas conseguir".
Saludos.
