A ver, una cosa es la nitidez de la foto y otra la calidad de impresión.
La nitidez de la foto te la da la luz. Cuanto mejores sean las condiciones de la toma (luz), que el objetivo sea de buena calidad (construcción, luminosidad...) y que se usen los parámetros adecuados para la toma, la nitidez estará asegurada. Tanto en aps-c como en FF. Otra cosa será el Rango Dinámico, que en el sensor FF siempre será mejor que en aps-c.
El sensor mayor (FF) te va a ayudar a tener menos ruido en la foto. En condiciones difíciles (de noche) necesitarás subir el ISO y ahí el tamaño del sensor se nota.
La resolución no baja, lo que ocurre es que estás usando un "sensor más pequeño" por lo que los píxeles disminuyen. En esta imagen puedes ver la diferencia de tamaño y de uso del sensor de FF a aps-c
De todos modos, prueba a sacar varias tomas iguales con parámetros distintos. Si usas un objetivo aps-c en una cámara FF, ésta se adapta automáticamente al objetivo y se convierte en una cámara aps-c. Ésta es la razón de que no te entregue 12Mpx y te de menos, porque ha detectado el objetivo y se "ha convertido" a aps-c.
Sobre la impresión y sus calidades hay un mundo, no es lo mismo imprimir en casa que en una tienda de fotos o en un impresor especializado. Si la diferencia que notas es en una impresión de tienda local, lo más probable es que se deba a las condiciones de la toma.
Saludos.